Přestože jsou citrusové plody zdraví prospěšné, mohou mít i nežádoucí účinky. Konzumace nadměrného množství citrusových plodů (nebo šťáv z nich) může zvyšovat díky obsahu agresivních kyselin riziko vzniku zubního kazu. Po konzumaci citrusů se tedy nedoporučuje bezprostřední vyčištění zubů. Počkejte alespoň 15 minut.
Citrusy se nedoporučují ani při potížích s překyselením žaludku a pálením žáhy a dobře obvykle nedělají ani pacientům trpícím atopickým ekzémem.
Opatrnost se vyplácí také při konzumaci pomela nebo grapefruitu v případě, že konzument užívá nějaké léky. Látky obsažené v tomto ovoci mohou ovlivnit metabolismus některých léčiv, proto je žádoucí poradit se o vhodnosti konzumace s lékařem.