Rodina Anistonových měla ve zvyku stěhovat se z místa na místo, a tak Jennifer vyrůstala v Řecku, Pensylvánii a nakonec i v New Yorku. Anistonová má dva nevlastní bratry, staršího z matčiny a mladšího z otcovy strany, ti se od showbyznysu ovšem radši drží stranou.
Na škole v New Yorku se věnovala divadlu a malování. Během studií byla jedna z jejích maleb dokonce vystavena v Metropolitan Museum of Art.
